故事的主人公巴辛是一个非常爱好“交换卡片游戏”的小学六年级生。现在上学的小学校园里，正流行着一个在全世界都受到欢迎的卡片游戏“battlespirits”（战斗精神）。有一天，巴辛意外地得到了一张“辉石”……用辉石的力量，可以将“战斗精神”卡片中的怪物“spirit”们召唤到现实生活中来互相战斗。从此巴辛有了召唤卡片的能力。知道在学校传言中所说的传说的X珍稀卡片是实际存在的巴辛，与同样拥有辉石的竞争者们一起，为了能够得到这张X卡，而展开了激烈的卡片战斗。
　　当集齐了所有的X卡片时，就能实现与传说中最强的王者战斗的愿望。究竟能够称雄全世界的最强王者、以及能够赢得究极的卡片战斗的人究竟会是谁呢？！

　　每天浑浑噩噩，除了迟到便是逃学，被同学当作不良少年的光坂高中学生冈崎朋也（中村悠一 配音）在这一过程中和温柔美丽的女孩坂上智代（桑岛法子 配音）熟稔，不知不觉便成为恋人。青春的爱恋平淡，却不乏幸福可言。未过多久，智代当选学生会长，在得到同学们祝贺的同时，他和朋也看似并不搭调的关系引来周围的风言风语，甚至连校长也给予特别的关注。在随后的日子里，朋也与智代不得不疏远起来，他们很少能够找到见面聊天的机会。
　　似乎因为朋也的原因，智代作为学生会长遭受越来越多的非议，这一切迫使朋也要认真考虑，是否该和智代拉开距离……

　　4年了，距离那场私人武装组织——天人与人类联盟军的决战过去4年了。
　　天人组织消失了，世界从3个巨大的国家联盟统一为一个联合政府，世界已经统一。但是，这只是表象。表面的政治统一，但军方秘密组织A-LAWS在暗中从事武装镇压，镇压所有反对联合政府的组织与团体。这样的世界，没有改变。人类依然没有从战争、纷争、矛盾之中解脱出来。天人组织再次回归！高达驾驶员刹那•F•清英驾驶新型号的机器人——高达00再次武力介入。这次，天人组织要面对的不仅是A-LAWS的机动战士部队，还有神秘组织变革者——其首领里冯兹正在计划一个更大的阴谋！
　　《机动战士高达00》系列动画片第2季。