徐风收到了海博大学的入学通知书，这所大学曾是他爸爸、妈妈的母校，也是他梦想的名牌大学。在海博大学的一间实验室里，徐风和青梅竹马的伙伴邱雨见到了古教授，至此徐风和邱雨才得知，徐风父母的失踪以及他们神奇地开启了异度空间的过程。为了解救自己的父母，阻止时空崩塌，徐风他们开始了寻找晶石和陀螺战士的艰难历程，他们开动脑筋、消除误会、争分夺秒，不断战胜幽龙长老派来的“魔行者”，最终，在异度空间正义长老莫能长老和古教授的帮助下，徐风、邱雨、董雷、伊电曈、耿焱5位陀螺战士终于找到所有晶石，通过古教授制作的时空转换器，来到深层异度空间并奇迹般完成了“空间归宿”终极陀螺招术，与异度空间魔派的长老幽龙展开终极对决，最后战胜幽龙，解救了徐风的父母，阻止了时空的崩塌，世界的毁灭。也使魔行者魔心变回了心，通过晶石的力量把异度空间回到了原来的样子。

　　某日，梦原希在学校图书馆找到一本名叫魔法心愿PDA（Dream Collet）的书，并遇见来自帕鲁米埃王国的可可。可可是为了恢复被恶梦军团破坏的王国而寻找魔法心愿PDA。要使用魔法心愿PDA许愿，必须收集55个光之精灵。美美为了完成可可的心愿，跟其他4名同伴一起变身成光之美少女（プリキュア，Pretty Cure）跟阻碍帕鲁米埃王国复原的恶梦军团战斗。

　　正当Keroro小队们向着第四年TV动画进发时，其第二部剧场版《超剧场版Keroro军曹2深海的公主、是也！》即将于3月17日开始在日本上映。继宣扬“友情”最高的第一弹剧场版结束之后，此次剧场版将大力宏扬伟大的家族之爱。
　　终于水之惑星马隆星开始了对地球的侵略。马隆星的末裔Meru王子和他的随从Maru，常年2个人生活的他们决定寻重建他们的世界，于是他们开始寻找公主的候补人选。而被选中的竟然是Keroro小的队所居住的日向家的长女，日向夏美！Keroro一行开始向着深海所在的秘密王国出发，解救被掳走的夏美。